Protéine

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[modifier] Définition et composition

Une protéine, parfois appelée protide<ref> Remarque : Protide désigne aussi une des espèces du protium, une forme d’hydrogène. Voir source: publications IUPAC 2001 Image:Page white acrobat.png [ pdf</span>] </ref>, est une macromolécule composée par une chaîne (ou séquence) d'acides aminés liés entre eux par des liaisons peptidiques. En général, on parle de protéine lorsque la chaîne contient plus de 100 acides aminés. Dans le cas contraire, on parle de peptides et de polypeptides. Cet usage tend à disparaître au profit du terme petite protéine. L'enchaînement des acides aminés est codé par le génome et constitue la structure primaire.

Sommaire

1 Définition et composition
- 1.1 Étymologie
2 Synthèse
3 Structure
4 Fonction
5 Protéine et phénotype
6 Protéine et évolution
7 Protéine et alimentation humaine
8 Voir aussi
9 Références et notes
10 Bibliographie
11 Lien externe

[modifier] Étymologie

Les protéines furent découvertes par le chimiste hollandais Gerhard Mulder (1802-1880). Le terme protéine vient du grec prôtos qui signifie premier, essentiel. Ceci fait probablement référence au fait que les protéines sont indispensables à la vie et qu'elles constituent souvent la part majoritaire du poids sec des cellules. Une autre théorie, moins probable, voudrait que protéine fasse référence au dieu grec Protée qui pouvait changer de forme à volonté. Les protéines adoptent en effet de multiples formes et assurent de multiples fonctions. Mais ceci ne fut découvert que bien plus tard, au cours du XX^e siècle.

[modifier] Synthèse

Image:Searchtool.svg Voir l’article Synthèse des protéines.

Les protéines sont assemblées à partir des acides aminés en fonction de l'information présente dans les gènes. Leur synthèse se fait en deux étapes :

la transcription où l'ADN codant le gène associé à la protéine est transcrit en ARN messager
la traduction où l'ARN messager est traduit en protéine en fonction du code génétique

L'assemblage d'une protéine se fait donc acide aminé par acide aminé de son extrémité N-terminale à sont extrémité C-terminale. Il faut également bien noter qu'un gène n'est pas forcément associé à une seule protéine mais bien souvent à plusieurs.

[modifier] Structure

Image:Searchtool.svg Voir l’article Structure des protéines.

Les protéines sont des objets moléculaires dont la description précise introduit la notion de structures (de manière plus ou moins hiérachique).

La fonction des protéines est conférée par leur structure tridimensionnelle <ref>aussi appelée structure tertiaire ou structure 3D.</ref>, c'est-à-dire la manière dont les acides aminés sont agencés les uns par rapport aux autres dans l'espace. C'est la raison pour laquelle les méthodes de détermination des structures tridimensionnelles ainsi que les mesures de la dynamique des protéines sont importantes et constituent un champ de recherche très actif. En plus de ces méthodes expérimentales, de nombreuses études portent sur des méthodes informatiques de prédiction de la structure 3D à partir de la séquence.

[modifier] Fonction

Image:Searchtool.svg Voir l’article Fonction des protéines.

Les protéines remplissent des fonctions très diverses :

catalyse (ex. : de nombreuses enzymes - les catalyseurs biologiques - sont des protéines)
transport (ex. : l'hémoglobine transporte l'oxygène des poumons aux organes (voir figure 1))
communication (ex. : de nombreuses hormones - comme l'insuline - sont des protéines et peuvent transporter un message à travers tout l'organisme)
signalisation (ex. : des protéines sont impliquées dans le chimiotactisme)
reconnaissance (ex. : le système immunitaire possède des protéines spéciales - les immunoglobulines - qui permettent la reconnaissance moléculaire de formes « étrangères », c'est-à-dire n'appartenant pas aux formes moléculaires de l'organisme qui les fabrique)
structure (ex. : les protéines du cytosquelette permettent la consolidation et la mobilité des cellules, comme c'est le cas pour les flagelles bactériens)
etc.

Les protéines peuvent être considérées comme les outils majeurs du monde vivant à l'échelle moléculaire.

[modifier] Protéine et phénotype

Le plan de fabrication des protéines dépend donc en premier lieu du gène. Or les gènes ne sont pas identique d'un individu à l'autre. Dans le cas de l'homme, chaque individu possède un génome bien à lui (nous ne sommes pas des clones). De plus, dans le cas des êtres vivants diploïdes, il existe deux exemplaires de chaque gènes. Et ces deux exemplaires ne sont pas nécessairement identiques. Un gène existe donc en plusieurs versions d'un individu à l'autre et parfois chez un même individu. Ces différentes version sont appelés allèles. L'ensemble des allèles d'un individu forme le génotype. Puisque les gènes existent en plusieurs versions, les protéines vont également exister en différentes versions. Ces différentes versions de protéines vont provoquer des différences d'un individu à l'autre : tel individu aura les yeux bleus mais tel autre aura les yeux noirs, etc. Ces caractéristiques, visibles ou non, propre à chaque individu sont appelées le phénotype. Chez un même individu, un groupe de protéines à séquence similaire et fonction identique est dit isoforme. Les isoformes peuvent être le résultat de l'épissage alternatif d'un même gène, l'expression de plusieurs allèles d'un gène, ou encore la présence de plusieurs gènes homologues dans le génome.

[modifier] Protéine et évolution

Au cours de l'évolution, les accumulations de mutations ont fait diverger les gènes entre les espèces. De là provient la diversité des protéines qui leur sont associées. On peut toutefois définir des familles de protéines, elles-mêmes correspondant à des familles de gènes. Ainsi, deux espèces proches ont de forte chance d'avoir des gènes, et par conséquent des protéines, très similaires. Cette similarité peut se mesurer en comparant la séquences des protéines. On peut ainsi classer un groupe de protéines par homologie, des plus semblables au moins semblable. Ainsi, la fonction des protéines divergera au fur et à mesure que la similarité diminuera. L'analyse des séquences et des structures de protéine a permis de constater que beaucoup s'organisaient en domaines, c'est à dire en parties acquérant un struture et remplissant un fonction indépendemment du reste dela protéine. Selon la théorie des gènes mosaïques, l'existence de protéines à plusieurs domaines est le résultat de la recombinaison en gène unique de plusieurs gènes originellement individués.

[modifier] Protéine et alimentation humaine

Dans l'alimentation, les protéines sont désagrégées pendant la digestion, qui débute dans l'estomac. C'est là que les protéines sont hydrolysés en protéoses et polypeptides pour fournir des acides aminés pour l'organisme, y compris ceux que l'organisme n'est pas capable de synthétiser. Le pepsinogène est converti en pepsine quand il arrive au contact avec l'acide chlorhydrique. La pepsine est la seule enzyme protéolytique qui digère le collagène, la principale protéine du tissu conjonctif. La plupart de la digestion des protéines a lieu dans le duodénum. Presque toutes les protéines sont absorbées quand elles arrivent dans le jéjunum et seulement 1% des protéines ingérées se retrouvent dans les fèces. Certains acides aminés restent dans les céllules épithéliales et sont utilisés pour la synthèse de nouvelles protéines, y compris certaines protéines intestinales, constamment digérées, recyclées et absorbées par l'intestin grèle.

[modifier] Voir aussi

Image:Wiktprintable without text.svg

Le Wiktionnaire possède une entrée pour « protéine ».

[modifier] Références et notes

[modifier] Bibliographie

(fr) Lubert Stryer, Jeremy Mark Berg, John L. Tymoczko (trad. Serge Weinman), Biochimie, Flammarion, « Médecine-Sciences », Paris, 2003, 5^e éd. (ISBN 2-257-17116-0).
(fr) Carl-Ivar Brändén, John Tooze (trad. Bernard Lubochinsky, préf. Joël Janin), Introduction à la structure des protéines, De Boeck Université, Bruxelles, 1996 (ISBN 2-804-12109-7).

[modifier] Lien externe

Protéine Images
Projet Predictor Un logiciel de calcul partage qui utilise la plateforme BOINC, pour etudier le repliement des proteines.
Serveur MRS Un serveur de banques de données biologiques, où l'identification d'une entrée dans la banque PDB permet de visualiser la structure à l'écran, en mode dynamique (voyez par exemple ce que produit une recherche dans la banque PDB des entrées correspondant à la trypsine.
(en) Proteins@home By joining Proteins@Home, you will contribute to a large-scale protein structure prediction project, and help advance an important area of biotechnology. L'école Polytechnique est la fondatrice de ce projet.